Новосибирск - крупнейший транспортный центр Сибири. Через Новосибирск осуществляются экономические и транспортные связи российских регионов. Здесь сходятся все основные железнодорожные и автомобильные магистрали западного, восточного и южного  - на Алтай, в Казахстан и Среднюю Азию - направлений.
Дальнейшее развитие транспортной инфраструктуры предусмотрено крупнейшим в России инвестиционным проектом создания в Новосибирске мультимодального транспортного узла для обслуживания грузопотока из Юго-Восточной Азии в Европу. Для расширения транзита в 2008 году был реализован проект Северного автомобильного объезда федеральной трассы вокруг Новосибирска с мостовым переходом через Обь. Кроме того, транспортные перевозки осуществляются по Оби.
Новосибирск является крупным железнодорожным узлом. Сегодня, кроме Транссибирской магистрали, через Новосибирск проходят железные дороги алтайского и кузбасского направлений. В пределах городской черты действуют 26 железнодорожных станций и остановочных пунктов, в том числе крупнейшая сортировочная железнодорожная станция — «Инская» и крупный контейнерный терминал – станция «Клещиха».
Потоки пассажиров железной дороги в Новосибирске в разы превышают авиаперелеты: с центрального железнодорожного вокзала города ежедневно отправляется в путь более 45 тысяч пассажиров. Железнодорожный вокзал «Новосибирск-Главный» — один из самых крупных в стране, является также архитектурной достопримечательностью города. Согласно замыслу авторов проекта, его здание воспроизводит форму старинного паровоза. Кроме Главного, на территории города расположены семь станций, где предусмотрена останавка пассажирских поездов: Новосибирск-Южный, Новосибирск-Западный, Новосибирск-Восточный, Инская, Сибирская, Сеятель, Пригородный простор.
Железнодорожное сообщение связывает Новосибирск с большинством городов Сибири, Центральной части России (Москва, Кисловодск, Анапа, Адлер, Волгоград, Пенза, Воронеж и др.) и Ближнего Зарубежья (Харьков, Симферополь, Минск, Брест, Алматы, Пекин, Улан-Батор). В соседние города (Барнаул, Кемерово, Новокузнецк, Омск, Томск) ходят ускоренные фирменные ("повышенной комфортности") электрички "Экспресс".

Через Новосибирск проходят автодороги федерального значения: Челябинск – Иркутск («Байкал»), Новосибирск – Ташанта. В шести направлениях из города идут автомобильные шоссе: на Омск, Колывань, Юргу, Ленинск-Кузнецкий, Барнаул (Чуйский тракт ), Камень-на-Оби. Транспортная ситуация самого Новосибирска осложнена недостатком автомобильных развязок на въезде в город и на пересечениях основных улиц. В городе и его окрестностях имеется четыре автомобильных моста через Обь: Димитровский, Октябрьский, Бугринский и мост Северного обхода (между поселками Мочище и Красный яр); также возможен проезд через плотину ОбьГЭС. При следовании транзитом с запада на восток и обратно Новосибирск можно объехать по самому северному из мостов. В черте города расположены также 2 автомобильных моста через реку Иня.

Водный транспорт, речной порт

В Новосибирске находится управление Западно-Сибирского речного пароходства. Речной порт находится в непосредственной близости от знаменитого моста через Обь - в Железнодорожном районе города. Во время навигации по Оби перевозят транзитные грузы, осуществляют местные пассажирские перевозки (Седова заимка, о. Кораблик), а также добывают песок. Навигация туристических речных маршрутов  проложена только до Томска и по Обскому морю до Завьялово.
Количество линий, на которых курсируют по Оби пассажирские суда, в 1990-е годы резко сократилось. Добраться от Речного вокзала можно до некоторых островов Обского водохранилища (Кудряш, Медвежий) и остановок Ягодная, Черемуш, Новая Заря, Бибиха, Седова Заимка.

Международный аэропорт "Толмачево"

"Толмачево" входит в четверку крупнейших аэропортов России. Он находится в 30 километрах от центра города и в 60 км от Академгородка. "Толмачево" ежесуточно встречает и провожает более 70 авиарейсов, в том числе около 40 международных. Ежедневно сюда прилетают и улетают около 6 тысяч человек. Аэропорт состоит из двух терминалов - российского и международного. Международный терминал принимает рейсы как из стран ближнего зарубежья, так и Китая, Германии, Израиля.
В Новосибирске имеются представительства авиакомпаний: "Аэрофлот - Российские международные авиалинии", "Трансаэро", "Сибирь", "Пулково", "Внуковские авиалинии", "Узбекские авиалинии", "Синьцзянские авиалинии" (КНР), "Люфтганза".

Мосты Новосибирска

Железнодорожный Мост Транссибирской магистрали через реку Обь является первым мостом, построенным в Новониколаевске, и одним из первых крупных инженерных сооружений Транссибирской магистрали. Автор моста – профессор Н.А.Белелюбский, его соавтор – инженер Н.Б.Богуславский. Для моста были применены пролетные строения консольно-балочной системы из сварочного железа. Русловая часть моста перекрыта семью пролетами общей длиной 794,77 м. Строительство было завершено в 1897 году. Мост прослужил почти сто лет, в 1990-х годах была произведена реконструкция моста: смонтированы новые стальные пролетные строения, спроектировано устройство второго пути. Для сохранения памяти о первостроителях одно из прежних пролетных строений моста установлено на набережной Оби как основа будущего мемориального комплекса.
Комсомольский Мост – второй железнодорожный мост через Обь у станции «Чемская» линии «Обь - Тогучин». По мосту проходит основной грузопоток южного направления Транссиба и Кузбасского направления. Мост состоит из 8 пролетов. Каменные опоры, выполненные из штучных камней, уходят на большую глубину. Строительство моста осуществлялось в два этапа: в 1931 успешно эксплуатируется, обладает достаточным ресурсом. Длина моста - 871 м.
Октябрьский Мост. Долгие годы с момента основания города транспортная связь между левым и правым берегами была нерегулярной: зимой использовалась ледовая временная переправа, летом – понтонный мост. В 1938 году в Москве был разработан проект моста, однако его строительство было осуществлено только после Великой Отечественной войны. Архитектурные достоинства моста с примыкающей к нему набережной сделали его историческим памятником Новосибирска, в эмблему которого он и помещен. Новосибирский мост – один из крупнейших в стране, его длина 2300 м, длина надводной части 840 м., ширина моста 24 м. Введен в эксплуатацию в 1955г.
Димитровский мост соединяет проспект Димитрова и Левобережную часть Новосибирска. Длина моста – 701 м, ширина 30 м, 6 полос автодвижения и 2 тротуара. Мост уникален как инженерное сооружение: это первый в Сибири мост с цельносварным металлическим пролетным строением. Эта конструкция экономична и обеспечивает плавность движения транспорта. В 1978 году по мосту было открыто движение автотранспорта. Движение по всему комплексу мостового перехода началось в 1982.
Мост Северного объезда. Этот мост является частью Северного обхода Новосибирска от села Прокудского до поселка Сокур. Мост построен у поселка Красный Яр и является соединительной частью трассы «Байкал» между автодорогами М-51 М-53. Северный объезд позволяет разгрузить северо-западную часть города от транзитного транспорта.
Бугри́нский) мост - последний мост, строительство которого на данный момент завершилось в Новосибирске. Он соединил Кировский и Октябрьский районы города. Этот мост стал составной частью перспективного Юго-Западного обхода Новосибирска, который облегчил выезд на Чуйский тракт. Работы по выбору места размещения и ТЭО были выполнены проектным институтом «Трансмост» (г. Москва) в 1992 году. Строительство началось в феврале 2010 года и завершилось в 2014 году.